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碳源之葡萄糖 玉米淀粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶制剂等发酵中常用的碳源。马铃薯、小麦、燕麦淀粉等用于有机酸、醇等生产中。液化淀粉可被微生物产生的胞外淀粉酶和糖化酶逐步分解成葡萄糖，被菌体吸收利用。根据微生物利用碳源速度的快慢，可将碳源分为碳源），如葡萄糖、燕糖；迟效碳源，如乳糖、淀粉。葡萄糖等易被菌体迅速利用的糖类对许多产物合成有反馈调节作用，应注意控制其浓度，或与被菌体缓慢利用的多糖组成混合碳源，有利于目标产物的合成。如青霉素发酵中，葡萄糖能阻過青霉素的合成，而乳糖对青霉素的合成几乎无阻過作用。如果采用成本较低的葡萄糖作为青霉素合成的碳源，需采用流加等控制方式。
碳源 醇的生物降解机理（以甲醇为例） 甲醇的生物降解机理同样遵循三羧酸循环，研究表明甲醇在微生物作用下先转化为甲醛，而后再被氧化为甲酸。甲醇微生物降解，生物代谢途径的关键辅酶A，形成三羧酸循环和氧化磷酸化的通路生成CO2和H2O，并且释放能量合成ATP。 3.1.3有机酸的生物降解机理（以柠檬酸为例） 大部分有机酸的降解途径均遵循三羧酸循环，又名柠檬酸循环、Krebs循环。生物降解过程中的代谢产物为含有三个羧基的有机酸； 3.2各类碳源的生物降解途径
碳源 碳氢化合物 石油产品可以作为某些微生物发酵的碳源。石油产品在单细胞蛋白、氨基酸、核昔酸、有机酸、维生素、酶类、糖类、抗生素等发酵中均有研究。由于成本、市场、性等因素投入工业化生产的很少。随着石油资源的减少和环境问题的日趋严重，可以预期围绕碳氢化合物的生物利用、转化、降解等相关研究会受到更多的重视。 复合碳源作为一种新型的生物碳源，可以促进水处理的反硝化脱氮效果、增强异样菌群的繁殖能力，很大程度上提高了污水氮去除效果。复合碳源的生物利用率高，可以让异样菌群快速繁殖，加快了污水处理效率。
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碳源 现代研究认为碳氮比小于10，异养细菌优先利用有机氮，养殖水体氨氮增加，如果碳氮比大于10异养细菌可同时利用有机氮和无机氮，消耗铵态氮。异养细菌数量的增加，有利于形成生物絮团，其中包括细菌，藻类，有机物，原生动物，浮游动物等。在适合的碳氮比及溶解氧情况下，不需要额外添加异养细菌，细菌就会自行繁殖生长，达到控制水体环境的目的。一般认为水产养殖中合适的碳氮比水平在10-15:1，越是使用饲料蛋白高的饲料，水体中也就越缺乏碳源，所以适时适量补充碳源尤为重要。
